- Работа над фильмом началась после того, как Брэд Фурман прочёл книгу Роберта Мазура «Агент под прикрытием: моя тайная жизнь и банки, отмывавшие деньги медельинского картеля Пабло Эскобара». Книгу режиссёру порекомендовал продюсер Дон Сикорски, с которым Фурман был знаком уже много лет и неоднократно вместе работал.
- Во время передачи «Позднее шоу со Стивеном Кольбертом» ведущий спросил актёра Брайана Крэнстона, ожидает ли он после смерти оказаться в Раю. «После всего, что я натворил в Тампе, — нет», — ответил актёр. Имелись в виду съёмки в Тампе фильма «Афера под прикрытием» режиссёра Брэда Фурмана.
- Актёр Брайан Крэнстон ростом 180 сантиметров. Он значительно выше своего прототипа.
- Фильм был снят и вышел в прокат через семь лет после появления в 2009 году на прилавках книжных магазинов книги Роберта Мазура «Агент под прикрытием: моя тайная жизнь и банки, отмывавшие деньги медельинского картеля Пабло Эскобара».
- Перед началом съёмок Брайан Крэнстон провёл несколько дней в обществе Роберта Мазура, которого сыграл в фильме «Афера под прикрытием».
- Некоторые эпизоды фильма были сняты на лётном поле в Дансфолде, графство Суррей, Англия. Там же проходили съёмки перезапущенного в 2002 году проекта «Топ Гир», посвящённого автомобильной тематике.
- Второй фильм режиссёра Брэда Фурмана, где сыграли Брайан Крэнстон и Джон Легуизамо. Оба актёра сыграли в его триллере «Линкольн для адвоката», который вышел в прокат в 2011 году.
- Во время ленча в Нью-Йорке, где Брайан Крэнстон играл Линдона Джонсона в одной из бродвейских постановок, режиссёр Брэд Фурман заговорил о фильме «Афера под прикрытием» и предложил актёру роль. Крэнстон попросил дать ему сценарий, прочёл его и согласился.
- Как рассказывала впоследствии художник по костюмам Дина Коллин, внешность жены наркоторговца, которую сыграла Елена Анайя, была частично списана с бывшей первой леди США Нэнси Рейган.
- Представитель режиссёра Брэда Фурмана направил экземпляр книги Роберта Мазура британскому продюсеру Мириам Сигал, которая сразу же оценила кинематографический потенциал сюжета. Её компания Good Films приобрела права на экранизацию и составила список возможных авторов сценария. В список вошла и Эллен Сью Браун, мать Фурмана, которая указана в титрах как Эллен Браун Фурман. Как рассказывал сам Фурман: «В конечном счёте, Мириам пришла ко мне и заявила: «Я беру в авторы сценария твою мать, потому что лучше её никого нет».
- Роль в сериале «Во все тяжкие» (2008-2013) принесла Брайану Крэнстону четыре премии «Эмми», а на Брэда Фурмана он произвёл неизгладимое впечатление игрой в его фильме «Линкольн для адвоката» (2011).
- Федерального агента Роберта Мазура, роль которого исполнил Брайан Крэнстон, все называли просто Боб. Для операции по внедрению в преступный синдикат он взял псевдоним «Боб Муселла».
- После того, как героиня Олимпии Дукакис изображает тётю главного героя, Кэти говорит, что она заслуживает «Оскар» за лучшую роль второго плана. У Дукакис есть как раз такой «Оскар» за фильм «Во власти Луны».
- Первый фильм режиссёра Брэда Фурмана, в работе над которым он выступил также в роли продюсера.
- В телесериале «Во все тяжкие» (2008-2013) Хэнк и Уолт-младший упоминают книгу, которую написал Роберт Мазур, специальный агент Таможенной службы США. В фильме «Афера под прикрытием» роль Мазура исполняет Брайан Крэнстон.